实验室实行理事会领导下的主任负责制。实验室设理事会、主任委员会、工作委员会、学术委员会等运行机构，下设综合办公室、科研管理办公室等管理机构，设有4个科学研究院和1个战略研究院，包括特色研究团队10余个。
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